Ниндзюцу

Наруто использует Технику Призыва.

В Академии, Техника Соблазнения была единственной техникой, которую Наруто мог успешно исполнить, и она не содержала в себе какого-либо практического применения, кроме как шокировать его инструкторов. Позже, он узнал новые ниндзюцу от Джирайи, и стал способен призывать жаб с горы Мьёбоку на помощь и использовать их, чтобы раздавить врагов сверху.
Он получил навыки в сюрикендзюцу, умея быстро и точно бросать оружие,или выпускать в противника целый их залп при использовании теневых клонов. Репертуар Наруто расширился до фуиндзюцу после получения Героторы, примерно перед началом Четвёртой Мировой Войны Шиноби.

Наруто ощущает тени Мадары и сражается с ними.

Наруто также может ощущать чакру в своих усиленных режимах. Он мог распознавать сигнатуры чакры с огромных расстояний в Режиме Мудреца, обнаруживать отрицательные эмоции в Режиме Чакры Девятихвостого и получал увеличение своих сенсорных способностей до максимально возможного уровня в Режиме Мудреца Шести Путей, что позволяло ему ощущать невидимые тени Лимбо.
В аниме Джирайя представил Наруто совместные ниндзюцу, научив его совмещать свои техники с другими, чтобы создать ещё более мощные.Совместные техники, которые он исполнял вместе с другими людьми, обычно включали в себя его собственное элементарное сродство, в частности, Техника Тайфуна Водяного Смерча в сочетании с Ямато, Стихия Ветра: Жабья Пушка в сочетании с Гамакичи и Стихия Жара: Вращающаяся Буря Света и Чёрной Стрелы Стиль Ноль в сочетании с Саске.

Техника Теневого Клонирования

Первой фирменной техникой Наруто стала Техника Теневого Клонирования. Хотя ещё в Академии он не смог выполнить базовую технику иллюзорного клона, после недолгого изучения Свитка Печатей, чтобы спасти Ируку, который рисковал своей жизнью ради Наруто, он преодолел эту слабость, применив Технику Множественного Теневого Клонирования.

Наруто использует технику Множественного Теневого Клонирования.

С этого момента, мастерство Наруто с Техникой Теневого Клонирования достигло больших высот. Обладая необычайно массивными запасами чакры, Наруто может использовать эту технику для создания сотен теневых клонов и с относительной легкостью сохранять значительное количество чакры в каждом из них. Он мог использовать их, чтобы подавить своих врагов численностью или обмануть их в бою, маневрировать, находясь воздухе, превращаться в оружие, разведывать область или проверять способности противника. Во время обучения природным элементам чакры, Наруто узнал, что пользователь теневого клона получает все знания клона, полученные им, после его развеивания. Этот метод позволил ему в разы ускорить своё обучение, поскольку он мог по сути получать многолетний опыт в течение нескольких дней. К тому времени, как Наруто стал Хокаге, использование им этой техники в ​​массовом виде и в течение длительных периодов позволяло ему постоянно выполнять множество одновременных заданий по всей деревне ежедневно, хотя у него есть склонность переусердствовать, что впоследствии сильно изнуряет его.

Расенган

Наруто использует Расенган.

Второй фирменной техникой Наруто стал Расенган, одноручное дзюцу, созданное его отцом. Из-за плохого контроля над чакрой, Наруто часто использовал теневого клона, чтобы сформировать сферическую форму, а сам предоставлял для неё чакру.
 Со временем, Наруто разработал более мощные версии Расенгана, исполнял его быстрее, или даже создавал множественные Расенганы посредством теневых клонов. Во время Четвертой Мировой Войны Шиноби он научился использовать Расенган и его варианты без посторонней помощи одной рукой или даже сформировать по одному в обеих руках одновременно. Он также увеличил размер своего стандартного Расенгана, сделав его заметно больше. Наруто также показал способность высвобождать Расенган в виде волны энергии  или же подобно снаряду в аниме. При использовании сендзюцу или чакры Курамы, Наруто мог создавать более мощные и сложные вариации Расенгана; с помощью второго, он даже разработал Супер-Мини Шар Хвостатого Зверя, исполняя его аналогично Расенгану.

Природные Трансформации

Наруто использует Стихию Ветра: Расенсюрикен.

Природная предрасположенность Наруто — Стихия Ветра, которую он научился проводить через оружие у Асумы Сарутоби, чтобы увеличить его атакующий потенциал.  Используя теневых клонов, он решил крайне сложную задачу добавления своего природного элемента в Расенган, что оказалось не по силам никому другому ранее, включая его собственного отца. Один теневой клон помогал формировать Расенган, в то время как другой обеспечивал чакру ветра для него, результатами чего стали Стихия Ветра: Расенган и Стихия Ветра: Расенсюрикен.
Через два года после его создания, Наруто усовершенствовал свои навыки до той степени, что был способен сформировать Расенсюрикен без каких-либо теневых клонов и бросать его в своей базовой форме — ранее, последнего он мог достичь только при активации своих улучшенных режимов. Он также создал вариации Расенсюрикена различных размеров и мог использовать два Расенсюрикена одновременно.

После обретения Сендзюцу Шести Путей, Наруто может использовать все пять природных трансформаций, а также Стихию Инь-Ян. Он мог в совершенство использовать последнее, чтобы заново восполнить жизненные силы, исцелить любого, кого он коснулся, и восстановить потерянные органы. Получив чакру соответствующих хвостатых зверей, Наруто может также применять Стихию Магнетизма Шукаку, Стихию Лавы Сон Гоку и Стихию Кипения Кокуоу. Хотя Наруто, в основном, опирался на Стихию Ветра как генин, будучи Хокаге, он расширил свой боевой стиль, включив в него Стихию Земли, которую он использует в виде прочных земных стен.